No dia 1º de março de 1565, o militar português Estácio de Sá, sobrinho do então governador-geral Mem de Sá, chegou à entrada da Baía de Guanabara à frente de uma expedição apoiada pelas capitanias de São Vicente e Espírito Santo. Entre o atual Pão de Açúcar e o Morro Cara de Cão — hoje Morro de São João —, ergueu as bases de uma nova povoação, batizada de São Sebastião em homenagem ao jovem rei de Portugal, D. Sebastião. A escolha do local não foi casual: tratava-se de um ponto estratégico para controlar a entrada da baía e enfrentar a presença francesa, que desde meados do século XVI disputava com Portugal o domínio daquela região.
O nome da nova cidade carregava forte simbolismo político e religioso. São Sebastião, santo guerreiro e mártir cristão, era tomado como protetor da conquista lusitana em território hostil. Já D. Sebastião, que mais tarde morreria jovem em batalha contra os mouros, transformou-se em figura lendária no imaginário popular português. A posterior morte do rei, sem herdeiros, abriu caminho para a União Ibérica, período em que Portugal e Brasil ficaram sob domínio da coroa espanhola. Desde então, lendas e cantigas em Portugal alimentam o mito de seu retorno, associado à esperança de dias melhores.
Nos primeiros anos, a vida no povoado de São Sebastião foi marcada por conflitos intensos. Durante cerca de dois anos, os colonos resistiram a constantes ataques de franceses e de seus aliados indígenas, especialmente os tamoios, que viam na aliança com os europeus rivais uma forma de enfrentar a expansão portuguesa. As tensões refletiam não apenas a disputa entre potências europeias, mas também o choque entre diferentes projetos de ocupação do território e as alianças firmadas com povos originários. A Baía de Guanabara era um ponto-chave na estratégia colonial, tanto pela navegação quanto pelo potencial econômico da região.
No início de 1567, Mem de Sá decidiu reforçar a posição portuguesa e veio em auxílio ao sobrinho. A união das forças militares permitiu o ataque final às posições francesas e tamoias. Em 20 de janeiro de 1567 — dia de São Sebastião —, os invasores foram derrotados em combates travados na aldeia do morubixaba Uruçumirim, no Morro do Leripe, hoje Outeiro da Glória, e na Ilha de Paranapuã, também conhecida como Ilha Maracajá ou Ilha do Gato. Após a morte de Estácio de Sá em decorrência dos ferimentos, Mem de Sá assumiu o comando e reorganizou a ocupação da área. Poucos anos depois, a cidade foi transferida para o Morro de São Januário, ou do Castelo, que se tornaria o núcleo urbano do Rio colonial até ser arrasado no processo de modernização da cidade, já no século XX. A fundação de São Sebastião do Rio de Janeiro consolidou, assim, o domínio português sobre a Guanabara e marcou definitivamente a geopolítica do litoral sul-americano.
